中国科学院上海药物研究所苏州药物创新研究院

中科院上海药物所苏研院（英文简称：SUSIMM）是中科院上海药物所与苏州园区政府合作共建的新型研发机构，致力于成为具有国际影响力的药物研发中心，全力助推我国创新药物研发。

中国科学院药物创新研究院中山研究院

2018年9月11日，中山市人民政府与中国科学院上海药物研究所正式签约，在中山翠亨新区共建中国科学院药物创新研究院中山研究院（简称“中山研究院”）和中山新药创制产业园。中山研究院是中科院药物创新研究院在华南地区战略部署的“升级版”，总规划用地面积约33.3公顷。

烟台药物研究所

中国科学院上海药物研究所烟台分所（简称烟台分所）暨烟台药物研究所于2012年8月由烟台市政府和中科院上海药物所等四方签署共建协议，2015年10月正式筹建，2017年4月揭牌并进入运行，是一所以创新药物和高端制剂研究开发为主，同时为烟台制药企业提供优质技术服务的特色研究所。

海门长三角药物高等研究院

长三角药物高等研究院是在中国科学院上海药物研究所与海门市人民政府的战略合作框架下，由上海药物所牵头，联合长三角区域内知名医药大学与院系及域外伙伴高校、重点医药企业等核心共建单位，有效汇聚政产学研资各方创新资源和要素，在海门科技园内合作共建的单位，其核心目标就是以科技来引领和促进产业发展，以高水平的专业硕士研究生教育，来培养产业环境；针对创新药物研发需要的长周期投融资，把政府的事业性支持与投资基金的商业化运作结合起来，高强度集聚初创型科技企业来海门发展。