为了提升科研支撑水平，研究所整合原各学科特种公共实验室，设立所公用实验室，包括放射性同位素室、公用仪器室、氢化实验室和病原微生物实验室四部分组成，服务全所的科研活动。

       同位素实验室共有4处，分别为放射性同位素室、辐照实验室、小动物辐照仪实验室、PET-CT实验室，其中放射性同位素室设有4间同位素实验室、1间仪器室、1间放射性废物库、1间放射性废物暂存间。核素范围包括3H、14C、32P、35S。

      病原微生物实验室从事与病原微生物菌(毒)种、样本有关的研究教学等活动。我所目前共有两个生物安全2级实验室（BSL-2）备案运行，其中BSL-2实验室（松涛路）涉及的病原微生物操作项目是细菌的样本检测，细菌菌种包括金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、表皮葡萄球菌；BSL-2实验室（海科路）涉及的病原微生物操作项目包括细菌和病毒的样本检测，细菌菌种包括金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、表皮葡萄球菌、化脓链球菌；病毒毒种包括巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、人疱疹病毒8型、EB病毒、轮状病毒、乙型肝炎病毒、登革病毒、丙型肝炎病毒、其他的致病性黄病毒。

       在新冠疫情期间，购置了国产移动式BSL-3实验室（方舱型）用于基于活病毒的药物筛选，可为开展针对新发、突变高致病性病原体的药物研发工作给予必要的硬件支撑。现阶段设备已到位并加紧完成安装调试，待科技部验收通过后即将正式投入使用。

       氢化实验室负责管理氢化反应专用设备，实验人员必须经过氢化室安全使用培训，在氢化室管理人员的指导下使用。

       中国科学院上海药物研究所公用仪器室旨在提高大型仪器设备资源共享率，保障仪器设备的合理高效使用，更好的服务和支撑研究所科研工作。该仪器室目前管理的主要设备包括冷冻切片机、超速离心机、多功能酶标仪、荧光定量PCR仪等。