标本室创建于1932年，所采集收藏的标本均源于研究所70多年来各课题科研项目的留样，总量达11万份。室内主要收藏了我国华东地区各省，还有云南、贵州、四川、广西、广东、海南等省，以及少量西北地区如宁夏，甘肃、陕西、青海、新疆、西藏等省、自治区少数民族地区的药用标本，种类大体可分为动物、植物、矿物，腊叶标本，饮片标本和液体标本等几大类，其中植物标本的种类涉及藻类、真菌、地衣、苔藓、蕨类和种子类植物等。